Stralsund bekam 1234 das Stadtrecht vom Rügenfürsten Wizlaw I. nach dem Rostocker bzw. Lübecker Vorbild. Während der Zeit der Hanse war sie neben Lübeck der bedeutendste Hafen in der südlichen Ostsee. Auch nach dem Niedergang der Hanse lebte die Stadt vom Fern- und Nahhandel sowie vom Schiffbau, obwohl die Bedeutung Stralsunds abnahm. Die Stadt war 1525 Schrittmacher und Vorreiter der Reformation in Norddeutschland, als die Mehrheit der Bürger zum evangelischen Glauben übertrat. Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Stadt von Wallensteins Truppen belagert. Diese Zeit überstand sie aber mit Hilfe von Schweden und Dänemark und es begann eine fast 200-jährige Zeit der Zugehörigkeit zum Königreich Schweden. Somit wurde Stralsund ein Teil von Schwedisch-Pommern. Nach dieser langen Zeit kam die Stadt zu Preußen und wurde Sitz eines Regierungsbezirks mit fünf Kreisen.
Nach dem 1. Weltkrieg gab es für kurze Zeit heftige Unruhen, die 1919 durch die Bildung einer bürgerliche Stadtregierung abebbten. 1933 wurde die bürgerliche Stadtregierung von den Nationalsozialisten wieder aufgelöst. Der Zweite Weltkrieg endete für Stralsund am 1. Mai 1945, als die Stadt von der Roten Armee besetzt wurde. Sie war fortan Teil der sowjetischen Besatzungszone. Wirtschaftlich lebte die Stadt vor allem von Schiffsneubauten für die Sowjetunion auf der Volkswerft.
Während der DDR-Zeit wurden zahlreiche Plattenbauten für Wohnzwecke errichtet. Leider verkam die historische Altstadt zunehmend. Das änderte sich erst nach der politischen Wende. 1990 wurde sie im Zuge der Städtebauförderung Modellstadt in den neuen Bundesländern. Mit dieser Förderung und dem Programm zum Städtebaulichen Denkmalschutz wurde die Altstadt mit dem historischen Stadtkern und dem Altstadthafen gründlich saniert. Auch das Wohnumfeld der Plattenbausiedlungen wurde verbessert und gleichzeitig ein Wohnungsrückbau eingeleitet.
Heute ist die Stadt mit den Hotels Stralsund Verwaltungssitz des Landkreises Vorpommern-Rügen. Seit dem Jahr 2002 ist die Altstadt zusammen mit der Altstadt von Wismar in die Liste des UNESCO-Weltkulturerbes aufgenommen und trägt seitdem den Titel Historische Altstadt.